张仲景是一个当时主流社会的异类，在仲景《伤寒论》的序中，听到了他那愤世嫉俗的悲叹。他撰写了《伤寒杂病论》，被后世一致奉为经典著作。但在当时可能是名声不彰，因此正史中没有他的地位。
仲景撰写《伤寒论》的时候，参照了《汤液经法》等等前经方典籍。《伤寒论原序》有"撰用"二字，不过，经扬绍伊先生、钱超尘先生和李茂茹先生等考证证实"撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》并《平脉辨证》"二十三个字为王叔和加入。进一步证实了《伤寒论》主要内容来自《汤液经法》。
张仲景也在阴阳学说的背景下移植和整理了方证辨证诊治方法。仲景将蛮荒年代野性思维的结晶与当时最有力的思想武器--阴阳学说结合在一起。同时，他清醒地意识到方证辨证，这种另类思维的珍贵性。所以在整理过程中尽量保存了《汤液经法》中方证的原貌。
杨绍伊认为，《汤液经法》原文在东汉岿然独存，张仲景据此"论广"，故原文一字无遗存在于《伤寒论》中。而对于《汤液经法》中传统的文化思维的道家色彩并不认同，陶弘景说:"张机撰《伤寒论》，避道家之称，故其方皆非正名也，但以某药名之，以推主为识耳"就是明证。
由于这时候，东汉王朝动荡不安，为了避乱，张仲景辞官来到岭南隐居，专心研究医学，撰写医书。到建安十五年，终于写成了划时代的临床医学名著《伤寒杂病论》，共十六卷。经后人整理成为《伤寒论》和《金匮要略》两本书。
《伤寒杂病论》系统地概括了"辨证施治"的理论，为我国中医病因学说和方剂学说的发展做出了重要贡献。后来该书被奉为"方书之祖"，张仲景也被誉为"经方大师"。
张仲景写成该书后仍专心研究医学，直到与世长辞。晋武帝司马炎统一天下后的公元285年，张仲景的遗体才被后人运回故乡安葬，并在南阳修建了医圣祠和仲景墓。
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